首先，发送模板消息，并不需要开启开发者模式，二者没关联。

然后回答你的问题：

1，可以兼容。我们现在就是兼容的，开启开发者模式（对接自己服务器）后，再找个第三方平台授权管理公众号，开发者模式和第三方平台可以同时管理公众号的。

我们是第三方平台管理自定义菜单、设置关键词回复、发表文章；

开发者服务器，主要进行微信参数二维码对接、特定关键词回复（涉及和我们系统用户的状态对接）等；

为了省事，在开发者服务器上还设置了发送模板消息控制、微信网页授权处理、分享参数获取、微信支付处理等内容。

2，在开启或关闭开发者模式时，建议先保存你的自定义菜单（在你本地存一份设置），因为调整开发者模式时，很可能会造成公众号自定义菜单失效。

至于保留自定义菜单的方式，第1点已表明，直接使用第三方平台管理自定义菜单。

3，菜单覆盖后，不能原封不动恢复，需要你重新设置。

4，关闭开发者模式后，是你又开始在官方平台管理自定义菜单，原来设置的不会自动回来。