小程序目前只支持一个收款商户。 个人认为，可以通过两个途径迂回解决你的问题。

途径1：小程序的收款账户是你的公司。 程序中统计各个商家商品卖出情况，进行月结算或者每7日结算。 由你公司转账给对应的商家。

途径2：小程序的收款账户是你的公司。  小程序开通企业付款到零钱/银行卡。 让商家也去注册成为你小程序的用户。  到时购买者买了A商家的商品，支付后，钱到了你公司的账号， 再由你公司账号付款到A商家微信号上。相当于你公司账号做中专站。

上面两种途径都要额外考虑购买者退款的相关处理。

以上是个人拙见。 有其他更好的方案，也可以探讨。