我也遇到了这个问题。

我的手机存储较为有限，所以习惯性的把全部聊天备份到电脑硬盘。但现在升级微信4.0后，在需要用到曾经备份文件恢复的时候，发现不论我的备份文件放在Backup文件夹下的哪一个层级，微信PC客户端都无法正确识别。

万幸我在升级4.0前先把Backup文件夹备份了一遍。