商户自己网银充值，银行一般会收手续费，跟微信无关

商户提现到对公户，免费

商户充值到运营账户，资金并没有给微信，不提供发票，应该找最终收款人要发票。如果最终收款人无法提供发票，那商户就可能需要承担相关税务。（或者看业务模式能否用其他支付解决方案实现空中分账，这样就不需要发票了）

使用网银支付充值是否有手续费取决于你的开户行；提现不收取手续费；税务问题自己处理，微信支付侧没有发票，因为这钱还是在你的账户

微信侧不收取手续费。银行侧可能会收取网银的手续费。