申请商户号时需要提交主体一致的的APPID

可以不一致。

你这个是申请注册商户时要填的场景信息，这里要填的公众号啊小程序啊主体需要一致。申请成功后会自动和商户号管理。

但你可以先不填场景信息，只申请商户。等注册下来以后再登录商户平台到产品中心里去手动关联，这个时候就可以填主体不一致的小程序了（公众号也可以不一致，但 App 目前还必须一致）。

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异主体绑定后目前会无法解绑，会导致无法进行小程序账号迁移。如果你们有以后要迁移的打算，那么就得慎重考虑了。以后不迁移那就没事儿。