如果在视频号小店的商户号后台不能导出凭证，也不显示手续费，开的手续费发票跟视频号小店里的资金流水也对不上，可能是由于以下原因导致的：

1. 系统问题。可能是视频号小店的商户号后台系统出现了问题，导致无法导出凭证或显示手续费。可以尝试联系视频号小店的客服或技术支持，寻求帮助和解决方案。
2. 数据不一致。可能是视频号小店的商户号后台数据与实际情况不一致，导致无法导出凭证或显示手续费。可以尝试核对数据，查找问题所在，并进行处理和修复。
3. 权限问题。可能是视频号小店的商户号后台权限不足，无法导出凭证或显示手续费。可以尝试检查权限设置，并进行调整和完善。
4. 其他原因。可能还存在其他原因，例如资金流水不清晰、手续费计算有误等，需要仔细核对和排查。 需要注意的是，在处理问题之前，建议先备份相关数据，以防止数据丢失或错误。同时，可以向视频号小店的客服或技术支持寻求帮助和建议，获取更准确的解决方案。