建议将小程序迁移变更到新主体上。以免后面涉及功能优化，微信支付等问题，需要认证，注销了就无法操作

建议注销主体前，注销小程序或迁移小程序，否则后续会比较麻烦。

建议妥善处理，比如将小程序转到新主体上。

说不定哪天什么业务就需要验你主体，然后你主体已注销了？？

如果不修改类目，不涉及提交资质的话短期内暂时没有影响。