公众号授权给第三方平台，同时自己也启用了服务器配置开发，access_token不会冲突。

但你们对公众号的设置（比如改自定义菜单），需要注意避免冲突，比如你开发服务器这边刚设置了菜单，运营那边又在第三方平台更新了菜单，会以后最后修改方为准。