在服务商模式下，选择特约商户还是二级商户的主要区别如下：

特约商户：

通过普通服务商入驻的商户。

拥有特殊的商户号（sub_mch_id）。

可以自己调用接口进行支付接入和交易结算。

资金清算由微信直接进行，提现过程自动化，不需服务商介入。

通常通过服务商提供的聚合码或桌台码收款。

二级商户：

电商服务商入驻的商户。

无法自行调用接口，需通过电商收付通进行支付接入和交易结算。

资金清算同样由微信直接进行，提现过程自动化，不需服务商介入。

总结来说，特约商户有更多的自主性和灵活性，而二级商户则更多依赖于电商服务商提供的服务。