微信支付可以绑定不同的主体，所以看你自己业务，选择合适的主体去申请微信支付

在服务号上申请支付。小程序只有一个，出错了、淘汰了，就废了；而服务号可以对应多个小程序，服务号不可能出错，只要按时缴费，不会淘汰。