要在构建 npm 时去除云开发的目录，您可以在项目的根目录下创建一个 .npmignore 文件，并在其中添加您希望排除的目录或文件。例如，如果您想要排除云开发的目录，可以在 .npmignore 文件中添加以下内容：

 cloudfunction/

这将确保在构建 npm 时，cloudfunction/ 目录不会被包含在内。

此外，如果您在使用微信开发者工具，并且想要在构建 npm 时排除某些文件或目录，您还需要确保 project.config.json 文件中的 packNpmRelationList 配置正确。这个配置告诉开发者工具哪些 npm 包和文件应该被包含在小程序中。如果您的云开发目录不需要打包到小程序中，确保它不在 packNpmRelationList 的配置范围内。

确保 cloudfunction/ 目录不在 miniprogramNpmDistDir 指定的目录下。

如果您在构建过程中遇到任何问题，可以检查上述配置是否正确，并确保 .npmignore 文件已经正确设置。如果问题仍然存在，您可能需要手动删除不需要的文件或目录，然后再次尝试构建 npm。