根据您的描述，问题可能出现在用户手动拒绝位置使用权限后再次授权的情况下。以下是可能的原因和解决方法：

微信后台管理限制：微信对小程序的后台运行进行了一些限制，以保护用户隐私和节省设备资源。当用户明确拒绝位置使用权限后，微信可能会限制小程序在后台进行实时定位。

权限重新获取：当用户手动拒绝位置使用权限后，再次请求位置权限可能会返回 fail，而不会弹出系统授权提示框。这可能导致即使用户再次同意授权，小程序也无法获得后台运行权限。

解决该问题的一种方法是在用户重新授权后，执行一个重启小程序的操作。通过调用 wx.reLaunch 方法，关闭当前小程序并重新打开，这样可以让小程序获得后台运行权限，并重新开始实时定位。

示例代码如下：

// 在适当的位置判断用户是否已经授权
if (!authorized) {
  // 用户未授权，显示相应的引导按钮等待点击
} else {
  // 用户已授权，执行实时定位逻辑
}

// 监听用户点击授权按钮的事件处理函数
function onAuthorizeButtonClick() {
  wx.authorize({
    scope: 'scope.userLocation',
    success() {
      // 用户同意授权，执行重新启动小程序操作
      wx.reLaunch({
        url: '/pages/index/index' // 重新打开小程序的首页或指定页面
      });
    },
    fail() {
      // 用户拒绝授权，给予相应提示
    }
  });
}

在上述示例中，当用户点击授权按钮后，会调用 wx.authorize 方法重新请求位置使用权限。如果用户同意授权，通过 wx.reLaunch 方法重启小程序并进行后台实时定位。

请注意，以上解决方法是基于目前对微信小程序后台运行限制的了解，并不代表微信平台的具体实现或政策，因此不能保证在所有情况下都能生效。建议您在实际开发中仔细阅读微信官方文档，并与微信支持团队联系以获取更准确和详细的信息和指导。