要将申请的纸质发票选项改为电子发票，您可以按照以下步骤操作：

1. 打开微信小程序后台管理页面。

2. 在左侧导航栏中选择“设置”。

3. 在设置页面中找到“支付与结算”选项，并点击进入。

4. 在支付与结算页面中，找到“发票与报销”部分，点击“查看详情”按钮。

5. 在发票与报销页面中，找到已经提交的年审认证信息，并点击“修改”按钮。

6. 进入修改页面后，在纸质发票选项旁边的下拉菜单中选择“电子发票”，然后保存修改。

完成以上步骤后，您的申请将会被更新为电子发票。请注意，在更改之前和更改期间可能需要等待一段时间才能生效。如果在后台显示仍然是"开票中"状态，请耐心等待或联系微信小程序客服寻求帮助。