https://developers.weixin.qq.com/miniprogram/dev/devtools/download.html

经反复卸载重装以及清除个人目录下缓存(%Home%\AppData\Local\微信开发者工具 )后确认:

设置->通用设置 下的选项在重装并清空缓存后第一次修改可以正常保存，之后再修改均无法保存