只有一个商家，不共享的时候，你怎么做，现在还怎么做，没区别。

每个小程序在开发工具中进入云开发，配置支付信息，完事。

另：你说的这种需求，可能是伪需求，很不合理。你一家公司为什么要给自己的每个小程序配不同的商户号，用一个商户号不行吗？

如果你说的是不同主体的小程序配它们自己公司的商户号，也不可行，共享环境不支持异主体。