小程序与公众号都需要变更主体的话，先进行小程序主体变更，在主体变更步骤中选择使用自定义名称，随便修改一个可以审核通过的名称，等小程序主体变更完成；

再去进行公众号迁移，迁移步骤选择使用原账号名称，公众号迁移完成后，再去小程序后台修改小程序名称回原名称。