是的，启用服务器配置后，公众号后台的自定义菜单将会失效并停用，无法在后台配置菜单。

已认证订阅号、未认证/已认证服务号可以通过以下任一方法设置菜单：

1、参考文档自行配置自定义菜单：https://developers.weixin.qq.com/doc/offiaccount/Custom_Menus/Creating_Custom-Defined_Menu.html

2、将公众号授权给第三方平台，在第三方平台配置自定义菜单。