先变更小程序A的备案信息，上传新的营业执照，变更后，再做小程序B的备案。

你好，遇到此类问题，不要点击复用主体资料信息，复用是是以前的资料信息，你选择返回上一步，选择上传新的营业执照，识别新的信息，进行操作备案。届时你的相关信息都是以营业执照更新后的来。