你的公众号启用了服务器配置，公众号后台的自定义菜单就会失效并停用，就不能在后台设置自定义菜单了。

这个问题有3个解决方法（第1、2个方法适用于已认证订阅号、未认证/已认证服务号）：

1、联系开发人员参考文档配置自定义菜单：https://developers.weixin.qq.com/doc/offiaccount/Custom_Menus/Creating_Custom-Defined_Menu.html

2、将公众号授权给第三方平台，在第三方平台配置自定义菜单。

【谨慎操作】3、将服务器配置停用就可以在后台设置菜单了，最好是和你们开发人员沟通确认下，因为停用后可能会影响你们之前通过接口开发的一些功能（比如之前通过接口配置好的自动回复、自定义菜单等等）。