先注册公众号，公众号认证后，可以通过公众号快速注册并复用公众号认证资质，可以免当前认证费用，公众号认证到期后，小程序也需要单独认证。

注册无所谓先后顺序，反正现在小程序和公众号都需要分别花钱认证。