是的我也有遇到这个问题。 妥协的办法就是将备份文件拷贝出来，用3.9版本的微信恢复。然后再用4.0的版本重新备份。属实多此一举，实在头疼。

我也遇到了这个问题。 我的手机存储较为有限，所以习惯性的把全部聊天备份到电脑硬盘。但现在升级微信4.0后，在需要用到曾经备份文件恢复的时候，发现不论我的备份文件放在Backup文件夹下的哪一个层级，微信PC客户端都无法正确识别。 万幸我在升级4.0前先把Backup文件夹备份了一遍。